Jordan Journal of Agricultural Sciences, Vol 6, No 3 (2010)

Font Size:  Small  Medium  Large

DNA Extraction and PCR-Based Diagnosis of the Root-Knot Nematodes (Meloidogyne Species and Races) of Jordan

Muwaffaq R. Karajeh, Walid I. Abu-Gharbieh, Sameer A. Masoud

Abstract


Several methods of genomic DNA extraction from different developmental stages of Jordanian populations of root-knot nematodes species viz., Meloidogyne javanica, M. incognita (races 1 and 2) and M. arenaria (race 2), were evaluated. Two assays of DNA fingerprinting viz., Sequence Characterized Amplified Regions (SCAR) and Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) based Polymerase Chain Reaction (PCR) were used. Among the tested DNA extraction methods, a minipreparation method was the most efficient, cost and time effective for SCAR-PCR. Methods used for DNA extraction from single juveniles or females were more suitable for RAPD-PCR. Typical DNA products of 670, 420, or 1200 bp in size were specifically amplified by SCAR-PCR when DNA extracts of M. javanica, M. arenaria (race 2), or M. incognita (races 1 or 2), respectively, were used. Accordingly, Meloidogyne species in Jordan could be most reliably identified by using SCAR-PCR assay. Using RAPD-PCR primer PA-01 had produced RAPD DNA patterns with clear bands that clearly distinguished one species from the others and so allowed the identification of the three Meloidogyne species. Molecular biology techniques for the identification of Meloidogyne spp. could be particularly useful in cases of mixed populations of the three species and as a reliable quarantine tests.

Keywords


Diagnostic Assays, Molecular Fingerprints, RAPD-PCR, SCAR-PCR, Survey

عزل الـ DNA والتشخيص المعتمد على الـ PCR لأنواع وسلالات نيماتودا تعقد الجذور(Meloidogyne Species And Races) في الأردن

Muwaffaq R. Karajeh, Walid I. Abu-Gharbieh, Sameer A. Masoud

Abstract (ar)


تم في هذه الدراسة تقييم عدة طرق لعزل الـ DNA من الأطوار المختلفة للمجتمعات الأردنية من نيماتودا تعقد الجذور (Meloidogyne javanica و M. incognita(السلالتين 1 و 2) و M. arenaria (السلالة 2). حيث استخدم فحصي البصمة الوراثية لـ DNAلتشخيص أنواع النيماتودا معتمداً على تفاعل البلمرة المتسلسل PCR، وهما الفحص المعتمد على المناطق المضخمة ذات التسلسل المعروف (SCAR-PCR)، والفحص المعتمد على الـ DNA المضخم عشوائياً متعدد الأشكال (RAPD-PCR). من بين الطرق المستخدمة في عزل الـ DNA، كانت طريقة minipreparation هي الأكثر فعالية وأقل كلفة ووقت، خاصة في فحص SCAR-PCR. وكانت الطرق المستخدمة لعزل الـ DNA من اليافعات أو الإناث المفردة أكثر ملاءمة لفحص الـ RAPD-PCR. تم تضخيم نواتج نوعية من الـ DNA بحجم 670 أو 420 أو 1200 زوج قاعدة على التوالي عندما استخدم الـ DNA المعزول من M. javanica أو M. arenaria (السلالة 2) أو M. incognita (السلالتين 1 و 2) على التوالي. لذا يمكن تعريف هذه الأنواع من نيماتودا تعقد الجذور بالاعتماد على فحص SCAR-PCR. كذلك تبين أن البادئة PA-01 أنتجت أنماط RAPD patterns بحزم واضحة قد ميزت بوضوح كل نوع عن الآخر عند الاعتماد على فحص RAPD ، مما أسهم في تعريف الأنواع الثلاثة من نيماتودا تعقد الجذور. تعدّ التقنيات الحيوية مفيدة خاصة في حالة وجود مجتمعات خليطة من الأنواع الثلاثة وكفحوص تشخيصية يعتمد عليها في الحجر الزراعي.

Keywords (ar)


الفحوص التشخيصية، البصمات الوراثية، RAPD-PCR، SCAR-PCR، الحصر

Full Text: PDF

Refbacks

  • There are currently no refbacks.